二者都是根據樣品組分與流動相和固定相相互作用力的差別進行分離的。

從儀器構造上看，液相色譜需要增加高壓泵以提高流動相的流動速度，克服阻力。同時液相色譜所采用的固定相種類要比氣相色譜豐富的多，分離方式也比較多樣。氣相色譜的檢測器主要采用熱導檢測器、氫焰檢測器和火焰光度檢測器等。而液相色譜則多使用紫外檢測器、熒光檢測器及電化學檢測器等。但是二者均可與MS等聯用。

二者均具分離能力高、靈敏度高、分析速度快，操作方便等優點，但沸點太高的物質或熱穩定性差的物質難以用氣相色譜進行分析。而只要試樣能夠制成溶液，既可用于HPLC分析，而不受沸點高、熱穩定性差、相對分子量大的限制。

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