PCR技術的優點

1.操作簡便

應用PCR方法的早期階段操作縈瑣，因為使用的聚合醉是大腸桿菌DNA聚合酶I的大片段，即Klenow片段，而不是耐高溫的TaqDNA聚合酶，而且操作也未實現自動化。目前使用的是耐高溫的TaqDNA聚合酶，其操作也實行了電腦控制的DN八擴增儀的自動化，只要將擴增反應所需要的特定程序輸入DNA自動擴增儀，操作臺PCR操作箱把反應所需要的全部材料混合均勻，置入儀器內，反應就會按照所輸入的正確程序進行。如果需要，還可隨時予以調整。

2. 省時

應用TaqDNA聚合酶時，單核昔酸摻入的速率較高，75℃一80℃時，每個酶分子每秒鐘可完成150個核昔合成.PCR每一周期需數分種，所以，一般取用20一30個周期能使目的DNA達到數百萬倍擴增的反應只需數小時即可完成.在基因分離，突變體構建，DNA測序等方面，PCR方法均較之常規方法快速得多.例如，乾蕓GENIN PCRroom-1st操作臺PCR操作箱用常規方法建立cDNA文庫或染色體DNA文庫來分離基因，需花幾個月時間，用PCR方法只要1一2個周;用M13法構建突變體需l一2個月，用PCR法僅用數天;PCR方法擴增的目的DN段可直接用作測序分析，較常用的通過克隆，培養擴增，純化制備等步驟獲得測序片段更為簡便，省時。

3.靈教度高

PCR產物的生成，是以指數方式增加的，所以欲擴增pg量級的起始物到雌水平成放大真核細胞單拷貝基因，通過PCR方法都是不難完成的。PCR方法還可用單一雙倍體細胞，一根頭發，甚至單一精子進行DNA定型。

4.特異性強

作為引物的寡聚核昔酸與模板結合的正確性是決定反應產物是否特異的關鍵。TaqDNA聚合酶耐高溫的性質，使得反應中引物與模板退火的步驟可以在較高的溫度下進行，結合的特異性大大增加，被擴增的目的DN段也能保持很高的正確程度。

5.對原始材料質t要求低

由于PCR技術有高靈敏度和強特異性，故僅含量(Pg,ng水平)的目的DNA的粗制品或者總DNA，就可以作為反應起始材料來獲取目的DNA擴增產物。部分的降解的DNA材料也可以通過PCR多次反應周期，最終得到所需的含全長序列的DN段.用石蠟包埋的組織切片，甚至幾千年前出土的文物，只需經過適當的處理，乾蕓GENIN PCRroom-1st操作臺PCR操作箱都可用PCR技術進行目的DNA的擴增，這樣就有可能對系統保存的病理材料進行檢測，解決以前無法解決的問題，同時，這一特性也使PCR技術應用到考古學，人類學等領域成為可能。

6.PCR技術應用范圍廣

PCR技術可應用于核酸結構和功能研究的各個領域，如DNA一級結構的測定，基因突變，基因工程，蛋白質工程及基因治療等各個方面，都有著重要的應用.PCR技術的出現，使這些領域發生了顯著的變化。

PCR技術的缺點

1、假陽性問腸

如果PCR反應系統中，既使污染一個拷貝的DN段，如果和引物結合以后，經過擴增反應，則判為陽性。但這種結果是一種假陽性結果。因此，反應系統中的樣品，試管，移液器及試管要求確實無DN段的污染，否則其結果判定十分困難。

2.單核普酸的錯誤接人

由于TaqDNA聚合酶缺乏3"5’核酸外切酶的活性，因而不能糾正反應中發生的錯誤的核昔酸摻入;與大腸桿菌DNA聚合酶1的Klenow片段相比，用前者的反應發生錯誤摻入的較多.錯誤核昔酸摻入的頻率還受反應條件的影響，所以對僅由TaqDNA聚合醛引發的錯誤摻入很難精確估計.TindanK.R.估計是每9000個核昔酸摻入中發生一次錯誤，乾蕓GENIN PCRroom-1st操作臺PCR操作箱而合成41000個核昔酸可能導致一次框碼移位。但是，這種錯誤并不意味著PCR產物一定會發生序列改變，InnisM,A.發現，錯誤摻入的堿基有終止鏈延伸作用的傾向，這就使得發生了的錯誤不會再擴大。這一點對PCR結果有利。